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En complément de la dissociation induite par collision, ou CID, l’ETD s’est avérée particulièrement utile pour la détermination spécifique de sites de modifications post-traductionnelles (PTM) labiles au niveau des peptides et des protéines. L’ETD est une technique de fragmentation radicalaire qui provoque le clivage de la liaison peptidique N-Cα pour donner les ions produits c et z● du peptide (cf. b et y” avec la CID), ce qui permet de localiser avec précision les sites de phosphorylation. Les peptides/protéines sont dissociés par transfert d’électrons d’un anion chimique donneur à des cations chargés positivement, ce qui entraîne un processus de fragmentation intrinsèquement similaire à la dissociation par capture d’électrons (ECD).